ANOS 2000 - O RESGATE DA DIGNIDADE E UMA NOVA CASA
O novo século não começou dos melhores para o Botafogo. Em 2002, após campanha ruim, foi rebaixado para a Segunda Divisão do Campeonato Brasileiro junto com o Palmeiras. Entrou em grave crise política e financeira, mas encontrou forças para se recuperar já em 2003. Com o apoio de sua fiel torcida, transformou o Caio Martins num caldeirão e com um time modesto, mas de muita garra, retornou à série A ao lado do Palmeiras, o campeão da B.
Em 2006, com o técnico Carlos Roberto, um dos ídolos de sua história, voltou a ganhar o Carioca após duas belas finais: 3 a 1 sobre o América, na Taça Guanabara, e 2 a 0 e 3 a 1 sobre o Madureira, na decisão do título. Em 2007, no aspecto patrimonial, o Botafogo obteve uma de suas maiores vitórias: o direito de mandar suas partidas no lindo e moderno Estádio Olímpico, construído pela Prefeitura do Rio para os Jogos Pan-Americanos de 2007. O estádio, que passou a ser conhecido como Engenhão, por conta de sua localização no bairro do Engenho de Dentro, Zona Norte da cidade, foi inaugurado em 30 de junho de 2007 com vitória do Botafogo: 2 a 1 sobre o seu mais velho rival, o Fluminense, dois gols de Dodô, contra um de Alex Dias. Hoje, ele se tornou Estádio Nilton Santos.
Em 2010, uma goleada sofrida por 6 a 0 para o Vasco deixou os alvinegros desanimados, sem perspectiva. Porém, o Botafogo, especialista em sair de situações adversas arrancou para o título. Com a chegada de Joel Santana, o Glorioso levou as Taça Guanabara e Rio, conquistando o Campeonato Carioca sem a necessidade de uma final. No último jogo, a final da Taça Rio, vitória por 2 a 1 sobre o Flamengo, com direito a cavadinha de Loco Abreu e defesa de pênalti de Jefferson.
Em 2013, o Botafogo voltou a conquistar o Campeonato Carioca de forma irrepreensível. O time venceu a Taça Guanabara e a Taça Rio, levando o título por antecipação. Para tornar o ano ainda melhor, o clube se sagrou campeão de terra e mar, ao alcançar o êxito também no Campeonato Carioca de Remo. Após um ano turbulento, o Botafogo resgatou sua autoestima em 2015. Com campanha inquestionável, o Fogão foi campeão da Série B e garantiu seu retorno à elite do futebol brasileiro. No Remo, veio o tricampeonato estadual, histórico e inédito para o clube
Já em 2018, o Botafogo novamente se sagrou Campeão de Terra e Mar. Nos gramados, o título carioca veio repleto de emoção, com gol decisivo de Carli no último minuto e conquista nos pênaltis, com Gatito Fernández como herói. No remo, vieram o hexacampeonato carioca e heptacampeonato brasileiro de barcos longos.
A temporada 2020/2021 foi marcada pela pandemia de Covid-19. Uma série de obstáculos acentuados pelo afastamento das torcidas do estádio durante o período levaram a queda para a Série B. Porém, naquele mesmo ano o Glorioso embalou uma campanha avassaladora. Com a chegada do técnico Enderson Moreira, na 12ª rodada do campeonato, o alvinegro disparou da 15ª colocação para a liderança, conquistando 57 dos 78 pontos disputados. O desempenho é considerado a maior recuperação na história da série B, que foi coroada com o título e a vaga na elite do futebol brasileiro
ERA SAF
O final de 2021 reservou não só o acesso para Série A como também um dos maiores marcos da história do Clube: a chagada da SAF. No dia 24 de dezembro, John Textor foi anunciado como o novo acionista majoritário do Clube, que agora seria dirigido no modelo de Sociedade Anônima de Futebol (SAF). Em abril de 2022, esse acordo entrou em vigor, concedendo ao investidor 90% das ações do Botafogo enquanto o Clube Social continua em posse dos outros 10%.
No primeiro ano de SAF, o Glorioso reformulou a equipe desembolsando um investimento de R$64 milhões no futebol. Como consequência, a campanha no Campeonato Brasileiro atingiu os 53 pontos, colocando o Alvinegro em 10º lugar garantindo a vaga para a Copa Sul-Americana.
Em 2023, a equipe alvinegra voltou a ser protagonista no futebol brasileiro. Disputou o título do Brasileirão, somou 65 pontos, maior pontuação do Clube na era dos pontos corridos, e encerrou sua participação ocupando a 5ª posição, voltando a assegurar participação na Copa Libertadores da América depois de 7 anos. Na Copa do Brasil, o time chegou às oitavas de final, enquanto na Copa Sul-Americana a campanha avançou até as quartas.
A reestruturação acontece dentro e fora das 4 linhas. Em menos de 2 anos de SAF, o Nilton Santos recebeu investimentos para personalização e reforma da sala de imprensa, zona mista, estúdio da Botafogo TV, quiosques da Botafogo Store e serviço de alimentação no estádio durante os jogos. A Nova Era tem como diretriz a profissionalização dos seus colaboradores buscando o fortalecimento da rede afim de colocar o brilho da Estrela Solitária sempre no topo.